Работа с базой данных InterPro

Данные об N-концевом домене белка SYM_ECOLI

Идетификатор документа — IPR002300;
Название документа — Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia;
В базе данных InterPro имеется 1256 белков, содержащих подпись IPR002300;

Данный документ создан на основании следующих подписей:

База данных	Идентификатор	Название	Количество белков
Pfam	PF00133	tRNA-synt_1	1256

Отношения родства или вложенности с другими подписями

На диаграмме слева показывается, какое количество белков удовлетворяет подписи IPR002300 и сходной подписи (фиолетовым цветом), только подписи IPR002300 (красным), только сходной подписи (синим)

На диаграмме справа – перекрывание аминокислотного состава.

Подписи IPR002300 удовлетворяет большое количество белков, однако много и таких которые удовлетворяют только сходным подписям.

Видно, что подпись IPR002300 и произошедшая от неё IPR002301 имеют много перекрывающихся аминокислот, однако подпись IPR002301 имеет немало и неперекрывающихся аминокислот (хотя белков, удовлетворяющей ей и не удовлетворяющей IPR002300 нет).

Описание всех известных подписей в белке SYM_ECOLI, собранных в базе данных InterPro

База данных InterPro содержит 12 подписей, относящихся к белку SYM_ECOLI. Далее дано расположение соответствующих мотивов в аминокислотной последовательности белка.

Подписи белка SYM_ECOLI

Название подписи	Положение в последовательности SYM_ECOLI (номера а.о.)	Полное название базы данных	Название организации, поддерживающей данную БД. Город и страна
AA_TRNA_LIGASE_I	14-25	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
tRNA-synt_1	12-58	Pfam	Wellcome Trust Sanger Institute	Великобритания, Кембридж
TRNASYNTHMET	9-22, 41-55, 89-100, 250-261, 291-306, 384-395	SPRINT	University of Manchester Bioinformatics Education and Research	Англия, Манчестер
metG	7-535	TIGR	The Institute for Genomic Research	Соединенные Штаты, Роквил
tRNA-synt_1e	324-358	Pfam	Sanger Institute	Англия, Хингстон
tRNA_bind	580-674	Pfam	Sanger Institute	Англия, Хингстон
TRBD	574-676	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
metG_C_term	540-676	TIGR	The Institute for Genomic Research	Соединенные Штаты, Роквил
MetRS_dimerising	6-676	iProClass	Georgetown University Medical CENTER (GUMC)	Соединенные Штаты, Вашингтон
Nucleic_acid_OB	592-675	SUPERFAMILY	The Laboratory of Molecular Biology	Англия, Кембридж
tRNAsyn_1a_bind	386-591	SUPERFAMILY	The Laboratory of Molecular Biology	Англия, Кембридж
NA-bind_OB_sub	569-675	CATH	University College London, BSM Unit	Англия, Лондон